Cette irrégularité climatique a été bien etudiée sur la côte Nord-Ouest de l'Amérique du Sud où l'on observe, comme conséquence du réchauffement des eaux de surface du Pacifique et d'une baisse des préssions atmosphériques, une montée des températures et des pluies d'importance inabituelles voire dévastatrices sur le Nord du Pérou et en Equateur. Mais El Niño a des conséquences planétaires, notament dans les régions intertropicales de la planète où se cultive le cacao. Il entraine, également, là des sécheresses sévères (Sud-Est asiatique et Nord-Est de l'Amèrique du Sud) et ailleurs des tornades dévastatrices (Caraïbe, Pacifique central).

A Wasi-manta, qui est située dans le piémont oriental des Andes, les influences météorologiques de l'Ouest Pacifique et Andin et de l'Est Atantique et amazonien se font alternativement sentir. La conbinaison de ces deux régimes, qui détermine une saison humide, de décembre à avril, et une saison moins pluvieuse et chaude le reste de l'année, est en général bénéfique puisque l'arrosage des plantations de cacao reste grâce aux averses de pluies entièrement naturel et permet ensuite un sèchage, grâce à l'ensoleillement, bénéfique à la composition aromatique des fèves de cacao.

Avec l'arrivée du Niño on peut donc craindre les difficultés résultant d'un excédent ou d'une insuffisance drastique de pluie : le développement de maladies de type fongique, la maturation plus lente des cabosses, des complications pour la fermentation et le sèchage en cas de pluie trop abondante pendant et surtout après la saison humide. Dans le cas contraire, d'une sécheresse persistante c'est évidement une perte de volume dans la fructification et une fragilisation des arbres, notamment les plus jeunes, qui est à craindre. En conclusion on n'a pas fini d'entendre parler de "El Niño".