El árbol a cacao tiene siempre una existencia silvestre en su medio natural en Amazonia, sobre las laderas orientales de los Andes de donde es nativo. Luego ha sido cultivado y se extendió en America central dónde fue "descubierto", al principio del siglo 16 por los conqusitadores españoles.

Los programas de ayuda promovidos por la Agencia de Desarrollo de EE.UU., para la instalación de cultivos alternativos al cultivo de la coca, una especialidad de alto Huallaga hasta la década de 2000, promovió fuertemente la siembra del cacao CCN 51, un híbrido clonado ecuatoriano experimental que es la base de la reactivación de la producción en la region del Huallaga.

Se encuentra en las narraciones de las misiones españolas, que acompañaron la colonización de la Amazonía durante los siglos XVII y XVIII, numerosas observaciones sobre la abundancia y cálidad del cacao extraido de los bosques que bordean el Río Huallaga. Tradicionalmente el cacao que se cosecha por los pueblos amazónicos es un cacao sylvestre que abunda en la región.